help@sochisirius.ru
5-25 апреля 2021

Компьютерное молекулярное конструирование

Прием заявок для участия в конкурсном отборе открыт до 04 марта 2021 года
По вопросам участия в программе просим обращаться по адресу students@sochisirius.ru

Участники и порядок отбора

Приглашаются студенты,  освоившие как минимум 2 курса бакалавриата или специалитета, а также студенты магистратуры (вне зависимости от курса) или аспиранты 1-го года обучения, обучающиеся по направлениям подготовки:
- 01.00.00 (математика и механика),
- 02.00.00 (компьютерные и информационные науки),
- 03.00.00 (физика и астрономия),
- 09.00.00 (информатика и вычислительная техника),
- 04.00.00 (химия),
- 33.00.00 (фармация),
- 06.05.01 (биоинженерия и биоинформатика),
а также обучающиеся по другим направлениям подготовки, при условии наличия у кандидатов достаточного уровня знаний и компетенций в области фундаментальной и прикладной математики, компьютерных наук и программной инженерии.

Для освоения содержания дополнительной образовательной программы слушатели должны владеть следующими обязательными знаниями и компетенциями (дополнительно указаны также желательные знания и компетенции):
1. Знания в области химии: биологическая, органическая или медицинская химия;
2. Основы структурной биоинформатики, строение белков и малых органических молекул;
3. Основы программирования (языки C++ или Python, основы Unix, алгоритмы и структуры данных);
4. Желательно наличие знаний высшей математики (матанализ/линейная алгебра/теория вероятностей/основы матстатистики);
5. Знание английского языка, достаточное для чтения учебной литературы и документации.  Несмотря на то, что настоящая программа преподается на русском языке, большинство рекомендуемой учебной литературы, составляющей неотъемлемую часть программы, представлено на английском языке.

Форма организации отбора обучающихся:
Индивидуальный отбор.
Оценивание резюме.

Резюме должно содержать следующую информацию: 
- ФИО, дата рождения, место учебы (вуз, факультет, курс);
- направление подготовки, тематика дипломной или научно-квалификационной работы;
- опыт участия в исследовательских проектах (гранты, проекты, договорные работы, экспедиции и проч.);
- перечень научных публикаций;
- перечень научных конференций и школ, интенсивов или тренингов, в которых студент принимал участие;
- награды и поощрения;
- научные интересы;
- уровень владения английским языком.
академические оценки кандидатов по предметам, соответствующим знаниям и компетенциям: 
- 01.00.00 (математика и механика),
- 02.00.00 (компьютерные и информационные науки),
- 03.00.00 (физика и астрономия),
- 09.00.00 (информатика и вычислительная техника),
- 04.00.00 (химия),
- 33.00.00 (фармация),
- 06.05.01 (биоинженерия и биоинформатика),
во взаимосвязи с рейтинговыми позициями учреждений высшего образования, в которых эти оценки были получены.

Также мы просим участников отбора предоставить нам следующие документы:

Справка с места обучения или диплом, если вы уже окончили обучение;

Сертификаты пройденных курсов/программ (при наличии);

Научные публикации, относящиеся к тематике образовательного модуля (при наличии).

Общее число обучающихся по программе – до 20 чел.

О программе

Компьютерное молекулярное конструирование – это междисциплинарная область науки, находящаяся на стыке химии, физики, математики и программирования, анализа больших данных, биологии и фармакологии, а если взять чуть шире – и материаловедения. Специалисты по компьютерному молекулярному дизайну работают в высокотехнологичных областях, связанных с вычислительной фармакологией, компьютерной разработкой лекарств, конструированием молекулярных структур с заданными свойствами, а также обработкой, и хранением и визуализацией больших массивов данных  промежуточной информации для этих целей. С развитием науки и технологий скорость накопления данных в химии и биологии стремительно растет. Чтобы справиться с объемами информации, приходится применять математические методы, в том числе из области машинного и глубокого обучения и сложные алгоритмы, реализованные в программных пакетах. Так, современная разработка новых лекарственных препаратов на ранних этапах – это почти всегда компьютерное конструирование и прогнозирование в том или ином виде. Если шестьдесят-семьдесят лет назад химики делали это на основе собственного опыта, то сегодня мы можем и должны автоматизировать хотя бы часть этого  процесса. Объединение компетенций в области естественных наук и информационных технологий пригодится для решения задач широкого профиля – навыки выпускников будут также востребованы и в других сферах, например, в областях персонифицированной медицины или материаловедения.

Есть несколько базовых блоков, на которых стоит компьютерное молекулярное конструирование. Это квантовая химия, методы молекулярной динамики и их применение, молекулярный докинг, ligand-based drug design и QSAR, хемоинформатика и работа с химическими данными, структурная биоинформатика. Чтобы ориентироваться в этих разделах, прежде всего требуются знания органической химии, физики, отчасти – молекулярной биологии, теории вероятности и computer science.

Настоящая программа направлена на формирование у обучающихся базового набора компетенций, необходимых для осуществления профессиональной деятельности в области компьютерного молекулярного конструирования, в том числе: компьютерная разработка лекарств, методы обработки больших массивов химических данных, применение алгоритмов машинного обучения в генерации и анализе химических структур, прогнозирование химико-физических и биологических свойств молекул. В программе представлены как классические, так и современные задачи, модели и методы компьютерного молекулярного конструирования.

Соответствующие компетенции включают широкие области хемоинформатики, квантовой химии, основы органической химии, методы QSAR и ligand-based drug design, structure-based drug design,  методы работы со структурами белков как основных лекарственных мишеней.

Выпускники данной программы будут иметь квалификационный потенциал для работы в R&D структурах фармацевтических компаний, предприятий нефтегазового комплекса, IT-компаниях, занимающихся разработкой решений для химии и фармакологии, в НИИ и университетах, где ведутся исследования новых химических структур и разработки биологически активных молекул, а также в иных профессиональных областях, связанных с компьютерным молекулярным моделированием и применением IT в химии и фармразработке.

Цель:
- познакомить обучающихся с предметом, задачами и методами современного компьютерного молекулярного конструирования как междисциплинарной научной области, находящейся на стыке химии, физики, математики и программирования, анализа больших данных, биологии и фармакологии.

Задачи:
-  ознакомить учащихся с основами применения computer science для решения задач биологии и химии;
- ознакомить учащихся с основами биологической, медицинской и математической химии;
- ознакомить учащихся с основами компьютерного молекулярного конструирования;
- ознакомить учащихся с основными математическими подходами к предсказанию физических, химических и биологических свойств веществ;
- ознакомить учащихся с основами органической химии, научить решать задачи, связанные с получением, хранением и предсказанием структуры органических веществ, обладающих заданными физико-химическими характеристиками; 
- ознакомить учащихся с основными структурами белков и их моделированием.

В результате изучения курса обучающиеся будут знать:
- теоретические основы органической, биологической, медицинской и математической химии; законы строения и химических свойств органических веществ разных классов, их взаимосвязи;
- основные методы предсказания физических, химических и биологических свойств органических молекул;
- основные методы и современные подходы к компьютерному молекулярному конструированию, включая компьютерную разработку лекарств;
- методы и подходы к хранению и анализу информации о химических структурах; 
- методы и подходы к квантово-химическим расчётам и их место в молекулярном моделировании;
- методы и подходы в хемоинформатике;
- методы ligand-based и structure-based в современной разработке лекарств;
- современные математические модели, включая модели машинного обучения, применяемые при разработке лекарств in silico.

Руководители программы

Порозов
Юрий Борисович

Руководитель лаборатории, к.м.н., доцент, АНО ВО «Университет «Сириус», руководитель Центра био- и хемоинформатики ПМГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет).

Маджидов
Тимур Исмаилович

К.х.н, старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории хемоинформатики и молекулярного моделирования Химического института имени А. М. Бутлерова Казанского федерального университета.

Преподаватели

Порозов
Юрий Борисович

Руководитель лаборатории, к.м.н., доцент, АНО ВО «Университет «Сириус», руководитель Центра био- и хемоинформатики ПМГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский Университет).

Маджидов
Тимур Исмаилович

К.х.н, старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории хемоинформатики и молекулярного моделирования Химического института имени А. М. Бутлерова Казанского федерального университета.

Нугманов
Равиль Искандарович

К.х.н., Институт геологии и нефтегазовых технологий, кафедра геофизики и геоинформационных технологий. Казанский Федеральный Университет.

Борисевич
София Станиславовна

К.х.н., Центр компетенций НТИ при Институте проблем химической физики РАН, г. Черноголовка, с.н.с. лаборатории химической физики Уфимского института химии УФИЦ РАН г. Уфа.

Гуреев
Максим Александрович

К.х.н., научный сотрудник группы биоинформатики АНО ВО «Университет «Сириус», научный сотрудник Центра био- и хемоинформатики Сеченовского университета.

Миндич
Алексей Леонидович

Руководитель ресурсного центра химического синтеза, к.х.н., АНО ВО "Университет "Сириус".

Якухнов
Сергей Андреевич

Специалист ресурсного центра химического синтеза, к.х.н., АНО ВО "Университет "Сириус".

Островерхова
Дарья Сергеевна

М.н.с. Центр био- и хемоинформатики Сеченовского университета, аспирант МГУ (кафедра биофизики).

Соловьёв
Ярослав Владимирович

Аспирант ИБХ РАН.

Куляев
Павел Олегович

М.н.с. АНО ВО «Университет «Сириус»

Домнин
Антон Владимирович

Аспирант СПбГУ.

Условия участия

Всем, кто прошел конкурсный отбор и был приглашен на программу, необходимо получить и отправить на почту oumr.university@talantiuspeh.ru скан-копии:

1) справки о санитарно-эпидемиологическом окружении, полученной не ранее чем за 3 дня до выезда в Университет;

2) справки с отрицательным результатом тестирования методом ПЦР на новую коронавирусную инфекцию COVID-19, полученной не ранее чем за 3 дня до выезда в Университет.

По приезде в Университет участникам образовательного модуля следует предоставить оригиналы указанных документов (справки и результата теста) во время регистрации участников.

Научно-технологический университет «Сириус» обеспечивает проживание, проезд / перелет по территории РФ и питание для участников программы.

Плата за обучение на программе не взимается.

К участию в программе допускаются только граждане РФ.

Партнеры

Образовательные организации :

Казанский Федеральный Университет

Санкт-Петербургский государственный университет, https://spbu.ru/

Научные организации:

Институт проблем химической физики РАН, г. Черноголовка,

Уфимский институт химии УФИЦ РАН г. Уфа

Технологические партнеры:

Научно-технологический парк биомедицины первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова

Подать заявку
© 2015–2021 Фонд «Талант и успех»
Нашли ошибку на сайте? Нажмите Ctrl(Cmd) + Enter. Спасибо!